По време на Средновековието католическата църква имала неограничена власт не само в сферата на формиране на мирогледа на хората, но и в държавната структура на страните апологети. Светската власт на религиозните лидери се осъществяваше чрез заповеди, които водеха известните кръстоносни походи, чиято цел беше не само обръщане на езичниците към Божията вяра, но и действителното присъединяване на земите на завоюваните държави. През втората четвърт на 13-ти век Ливонският орден се превръща в един от тези паравоенни формирования. Неговият основател е епископ Рига Алберт, който има огромни агресивни амбиции.
В началото на 13-ти век в Рига е съществувал орденът на мечоносниците - германската католическа асоциация, в която участват представители на духовенството и рицарите. Униформите на членовете на ордена бяха бяло наметало с отпечатък във формата на червен кръст и меч. Първият майстор, който ръководи заповедта, е наречен Вино фон Рорбах, а на негово място е поставен Волквин фон Наумбург, на който приключи историята на заповедта. Основната задача на ордена е кръстоносните походи към земите на модерното Балтийско море. Особено трудно е било завладяването на Литва, многократно опит за завладяване на Новгород земи. През 1219 г. заедно с датските войски е основана крепостта „Ревел” (днешен Талин).
Упадъкът на заповедта настъпва по времето на Северния кръстоносен поход от 1233-1236 г., който е спрян от новгородския княз Ярослав Всеволодович. Swordtails претърпява пълно поражение по време на кръстоносния поход към Литва през 1236 г., организиран от папа Григорий IX. През май следващата година, ръководителят на Тевтонския орден и папа Григорий се съгласиха с влизането на останалите речници в реда. Тъй като мечоносците са били разположени в съвременните латвийски и естонски земи, новата асоциация започва да носи името на Ливонския орден, клон на Тевтонския орден. Рицарите на Ливонския орден напускат същото униформено облекло като своите предшественици.
Името на заповедта дава името на хората, които са живели в долното течение на река Западна Двина - Livs. Ливония обединява петте княжества на духовенството: Ливонския орден, както и епископите на Рига, Курланд, Дерпт и Езел-Викск. Формално властта над тези земи принадлежи на германския император и папа.
Официално Ливонският клон е наречен Орден на св. Мария от Германската къща в Ливония. Историците отбелязват, че с организацията на новата структура балансът на силите на тази територия се е променил. Мечоносите подадоха на Рижския епископ и ливонците на ръководителя на Тевтонския орден, който директно се подчини на папата. Впоследствие това е причина за борбата за власт между епископството и реда.
Новосформираният Орден успява да укрепи своята сила едва пет години по-късно. Тогава ливонските и тевтонски ордени вървяха към Новгород и Псков. Въпреки това, се срещна с ожесточена съпротива на руската армия, начело с княз Александър Новгородски, който влезе в историята като Александър Невски. Според легендата битката се е състояла на Чипси на 5 април 1242 година. известен Ледена битка завърши с пълно поражение на нашествениците, които убиха около 400-500 рицари.
В същото време историята на Ливония твърди, че не можеше да има толкова много рицари. Освен това повечето от тях се състоеха от воините на епископа на Тарту. Както и да е, това поражение отслаби пламъка на Ордена по отношение на Русия за повече от двадесет години.
През 50-те години на 13-ти век Ливонският орден докарал на власт княз Миндауг в Литва. В замяна тяхната юрисдикция е прехвърлена на Самогития. Съюзът с литовското ръководство значително засили реда. В същото време жителите на дадената територия няма да се подчиняват и предлагат мощна съпротива на новите собственици.
Привличайки подкрепата на курленците, чиято заповед е поробена, през 1260 г. той решава да организира нападение срещу Самогития. Последният обаче успя да изпревари тях и да атакува първи. Битката се състоя на територията на сегашния град Дърбе, в западната част на Латвия. В хода на битката легионерите на ордена от победените територии - Естс, Латгали и Курландери - бързо напуснали бойното поле, оставяйки няколко ливоняни един на друг с жестовете, които спечелили недвусмислена победа.
Поражението доведе до загубата на Samogitia, освобождението на по-голямата част от Kurland, както и Saaremaa.
Съпротивата в Естония, която беше официално потисната още през 1227 г., не отслабва до края на 1260-те години. Въстанията в Курланд и Семгалия пламнаха със завидна редовност. През 1267 г. падна Курляндия, където почти цялата земя била отстъпена на епископ Алберт, с изключение на една трета, която била прехвърлена на епископа на Курланд.
Това разпределение на земята значително увеличи влиянието на Ливонския орден. Построен е замъкът Мемел, който улеснява комуникацията на земята с Тевтонския орден в Прусия. Оправданието в Курланд позволява на кръстоносците да насочват всички сили към завладяването на Семгалия, която най-накрая е победена едва през 1291 година. След това част от придворните избягали в Литва, асимилирайки се с литовците. Останалите, много векове по-късно, станаха латвийци.
Ливонският орден първо влиза в открития конфликт с рижския епископ едва през 1297 г., въпреки че по-рано имаше многократни опити от страна на духовенството да оспорва авторитета на Ордена. Войната, с различен успех, продължи до 1330 г., когато заповедта спечели окончателна победа и напълно подчини Рига. Въпреки това, дори преди средата на 15-ти век, градът последователно се подчинява на Учителя на Ордена, а след това и на Архиепископа, докато през 1451 г. те се изравняват в правата да управляват града. Тази ситуация продължава до изчезването на заповедта.
Северна Естония става собственост на Тевтонския орден през 1346 година. Орденът купи територия за истински пари от датския крал Валдемар IV Атердаг. Лекотата на това придобиване се дължи на успешно потиснатия бунт тук през 1343 г., който влезе в историята като бунт на Нощта на Св. Георги. Но една година след придобиването Великият магистър на Тевтонския орден прехвърлил действителната власт над земите на Ливонския орден. През 15-ти век, когато се опитваше да се отдели от родителския ред, тук се появиха най-големите проблеми.
В началото на 15 век Ливонският орден започва да се стреми към независимост от своя покровител Тевтонски орден. Това се дължи най-вече на поражението на последния през 1410 г. в битка с обединената полско-литовска армия. Тогава бяха сключени разрушителните мирни споразумения за Тевтонския орден, в резултат на което властта над Самогития бе загубена. Ръководството на Ливонския орден все повече не желаеше да подкрепя своя покровител във военни кампании, а след това започна да отказва изцяло. Конфронтацията се засили поради вътрешните противоречия на самия Ливонски орден.
Историята на Ливонския орден включва доста сложна връзка с руската държава. По принцип всички сблъсъци завършиха с поражение. Военната конфронтация, с различен успех, завърши с мирните договори, които бързо бяха отменени. Поради затварянето на ханзейската търговска камара в Новгород, през 1501 г. избухва ливонско-московската война. Като съюзник Ливонският орден избра Литва, която е във война с Русия. Това обаче не е довело до нищо, а през 1503 г. е сключен мир, споразумение за което редовно се потвърждава до началото на Ливонската война.
През 1551 г. споразумението не може да бъде удължено. Руската страна, успешно се отърва от ярема на ханатите, преориентира интересите си на запад. Преговорите продължават няколко години, докато Иван Грозни постави като ултиматум премахването на плащането на Юриевския данък за земята на епархията Тарту, която според царя първоначално е била руска земя. Последните преговори между страните, проведени през 1558 г., не доведоха до нищо. започна Ливонска война. До края на годината войските на Грозни завзеха източна и югоизточна Естония.
От войната с руснаците започва разрушаването на Ливонския орден. Виждайки колко бързо руските войски се движат по земите на ордена, Северна Естония и Талин доброволно подчинени на Швеция. Грандите на останалите земи бяха принудени да се присъединят към полско-литовската държава при условията на пълно подчинение. Последният началник на ордена, магистър Кетлер, успял да защити херцогство Курланд за себе си, което той оглавяваше.
Известният Ливонски орден, чийто официален упадък е 1561 г., успешно изпълнява официалната политика на Католическата църква. Кръстоносните походи донесоха слава и богатство. Вътрешните противоречия и желанието за независимост обаче значително отслабиха реда и в крайна сметка доведоха до неговото изчезване.